{"id":8980,"date":"2020-09-04T17:02:36","date_gmt":"2020-09-04T15:02:36","guid":{"rendered":"https:\/\/scienceetonnante.com\/?p=8980"},"modified":"2020-09-09T17:00:17","modified_gmt":"2020-09-09T15:00:17","slug":"qu-est-ce-que-la-vie","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/2020\/09\/04\/qu-est-ce-que-la-vie\/","title":{"rendered":"Qu&rsquo;est-ce que la vie ?"},"content":{"rendered":"<p>Qu&rsquo;est-ce que la vie ? Voil\u00e0 une question essentielle, notamment en astrobiologie : la discipline qui s&rsquo;int\u00e9resse aux processus pouvant conduire \u00e0 l&rsquo;\u00e9mergence de la vie, en particulier ailleurs que chez nous !<\/p>\n<p><iframe title=\"Qu&#039;est-ce que la vie ? (Astrobiologie 1)\" width=\"770\" height=\"433\" data-src=\"https:\/\/www.youtube.com\/embed\/xUEu6tSL-Gg?feature=oembed\" frameborder=\"0\" allow=\"accelerometer; autoplay; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture\" allowfullscreen src=\"data:image\/svg+xml;base64,PHN2ZyB3aWR0aD0iMSIgaGVpZ2h0PSIxIiB4bWxucz0iaHR0cDovL3d3dy53My5vcmcvMjAwMC9zdmciPjwvc3ZnPg==\" class=\"lazyload\" data-load-mode=\"1\"><\/iframe><\/p>\n<p>En compl\u00e9ment de la vid\u00e9o, voici quelques pr\u00e9cisions concernant des points que j&rsquo;ai \u00e9voqu\u00e9s.<\/p>\n<h3>Exo vs Astro<\/h3>\n<p>J&rsquo;ai eu un petit d\u00e9bat avec moi-m\u00eame quant \u00e0 la d\u00e9nomination du champ disciplinaire. Wikipedia EN me pr\u00e9sente \u00ab\u00a0Astrobiology\u00a0\u00bb comme \u00e9tant la nouvelle appellation de ce qui \u00e9tait anciennement \u00ab\u00a0Exobiology\u00a0\u00bb. Wikip\u00e9dia FR me dit qu&rsquo;\u00abAstrobiologie\u00bb est l&rsquo;appellation anglo-saxonne. Et d&rsquo;un autre c\u00f4t\u00e9 <a href=\"https:\/\/www.latmos.ipsl.fr\/index.php\/fr\/activites-de-recherche\/impec\/exobiologie-astrobiologie\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">la page du LATMOS<\/a>\u00a0les consid\u00e8re comme \u00e9quivalents. Alors va pour \u00ab\u00a0astrobiologie\u00a0\u00bb, qui me semble un chouilla plus clair.<\/p>\n<h3>A propos des virus<\/h3>\n<p>Il y aurait beaucoup \u00e0 dire sur les virus et autres particules virales, qui ont le mauvais go\u00fbt de pr\u00e9senter une tripot\u00e9e de \u00ab\u00a0cas limites\u00a0\u00bb rendant bien difficile toute tentative de d\u00e9finition stricte. Essayez de tracer une fronti\u00e8re conceptuelle quelque part, il y a \u00e0 coup s\u00fbr une particule virale qui va vous la foutre en l&rsquo;air ! Avec ou sans capside, avec de l&rsquo;ADN ou de l&rsquo;ARN, tr\u00e8s gros ou tr\u00e8s petit. Il y en a pour tous les go\u00fbts !<\/p>\n<p>Un point que l&rsquo;on peut ajouter par rapport \u00e0 ce que j&rsquo;ai dit dans la vid\u00e9o : certains virus, en plus de leur capside, peuvent \u00eatre entour\u00e9s d&rsquo;<strong>une enveloppe contenant entre autres des lipides<\/strong> (et pouvant provenir des membranes travers\u00e9es au cours des infections.) On parle alors de virus envelopp\u00e9. C&rsquo;est le cas de nombreux virus \u00ab\u00a0connus\u00a0\u00bb comme le VIH, Ebola ou le virus de la grippe. D&rsquo;ailleurs sur la quasi-totalit\u00e9 des repr\u00e9sentations graphiques de synth\u00e8se que l&rsquo;on voit de ces virus, la structure la plus externe est l&rsquo;enveloppe, et la capside ne se distingue pas forc\u00e9ment.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" class=\"alignnone size-large wp-image-8989 lazyload\" data-src=\"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/virus3-1024x640.jpg\" alt=\"\" width=\"770\" height=\"481\" data-srcset=\"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/virus3-1024x640.jpg 1024w, https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/virus3-300x188.jpg 300w, https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/virus3-768x480.jpg 768w, https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/virus3-1536x960.jpg 1536w, https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/virus3.jpg 1688w\" data-sizes=\"(max-width: 770px) 100vw, 770px\" src=\"data:image\/svg+xml;base64,PHN2ZyB3aWR0aD0iMSIgaGVpZ2h0PSIxIiB4bWxucz0iaHR0cDovL3d3dy53My5vcmcvMjAwMC9zdmciPjwvc3ZnPg==\" style=\"--smush-placeholder-width: 770px; --smush-placeholder-aspect-ratio: 770\/481;\" \/><\/p>\n<h3>Le code g\u00e9n\u00e9tique<\/h3>\n<p>Deux petites pr\u00e9cisions concernant le code g\u00e9n\u00e9tique : j&rsquo;ai choisi de le pr\u00e9senter dans sa version \u00ab\u00a0ADN\u00a0\u00bb pour ne pas introduire trop de confusion, mais en pratique, il s&rsquo;applique au niveau de l&rsquo;ARN puisque la synth\u00e8se des prot\u00e9ines est faite \u00e0 partir d&rsquo;un brin d&rsquo;ARN lui-m\u00eame obtenu par transcription de l&rsquo;ADN. En pratique, le tableau de conversion est le m\u00eame, on remplace juste les T par des U puisque l&rsquo;ARN utilise l&rsquo;uracile comme base.<\/p>\n<p>Toujours concernant le fameux code g\u00e9n\u00e9tique, je l&rsquo;ai pr\u00e9sent\u00e9 comme une caract\u00e9ristique universelle et immuable des organismes vivants. Et pourtant comme toujours, il y a des toutes petites exceptions \u00e0 la marge. Il y a notamment <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/List_of_genetic_codes\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">un article Wikipedia<\/a> qui liste <strong>une trentaines de variantes connues<\/strong>, souvent dans les mitochondries.<\/p>\n<p>Autre subtilit\u00e9 \u00e0 la marge, en plus de la s\u00e9lenocyst\u00e9ine, <strong>il existe un 22e acide amin\u00e9 \u00ab\u00a0non-standard\u00a0\u00bb, la pyrrolysine<\/strong>, qu&rsquo;on ne retrouve que chez certaines arch\u00e9es. Comme la s\u00e9lenocyst\u00e9ine, c&rsquo;est un acide amin\u00e9 qui est cod\u00e9 par le codon UAG, qui \u00ab\u00a0normalement\u00a0\u00bb est un codon stop, mais qui \u2014\u00a0quand il est pr\u00e9c\u00e9d\u00e9 par une certaine s\u00e9quence \u2014 permet qu&rsquo;il soit interpr\u00e9t\u00e9 diff\u00e9remment (je ne sais pas comment un programmeur appellerait cette manoeuvre, \u00e7a me fait penser aux d\u00e9corateurs en Python !)<\/p>\n<p>Pour tous les autres acides amin\u00e9s (autre que ces 22), on parle d&rsquo;<strong>acides amin\u00e9s \u00ab\u00a0non-prot\u00e9inog\u00e8nes\u00a0\u00bb<\/strong>. Je trouvais le mot un peu compliqu\u00e9 pour cette vid\u00e9o, alors j&rsquo;ai plut\u00f4t utilis\u00e9 l&rsquo;adjectif (non-officiel) \u00ab\u00a0exotique\u00a0\u00bb. D&rsquo;ailleurs une pr\u00e9cision importante : il faut faire une distinction entre les 22 acides amin\u00e9s \u00ab\u00a0prot\u00e9inog\u00e8nes\u00a0\u00bb, qui sont donc cod\u00e9s dans le code g\u00e9n\u00e9tique, et les acides amin\u00e9s que l&rsquo;on retrouve plus g\u00e9n\u00e9ralement dans les prot\u00e9ines. Il se peut qu&rsquo;un acide amin\u00e9 se retrouve dans la structure finale d&rsquo;une prot\u00e9ine sans qu&rsquo;il ait \u00e9t\u00e9 l\u00e0 au moment de la traduction de l&rsquo;ARNm. <strong>L&rsquo;acide amin\u00e9 peut r\u00e9sulter d&rsquo;une modification ult\u00e9rieure lors d&rsquo;une \u00e9tape dite \u00ab\u00a0post-traductionnelle\u00a0\u00bb<\/strong>. Il existe aussi des acides amin\u00e9s qu&rsquo;on retrouve dans le vivant, mais pas forc\u00e9ment incorpor\u00e9s dans les prot\u00e9ines (par exemple la L-DOPA, pr\u00e9curseur de la dopamine)<\/p>\n<p>D&rsquo;ailleurs une petite remarque sur la d\u00e9finition chimique : tous les acides amin\u00e9s prot\u00e9inog\u00e8nes ont un hydrog\u00e8ne simple li\u00e9 au carbone \u00ab\u00a0alpha\u00a0\u00bb, et donc une seul chaine lat\u00e9rale R. Mais stricto-sensu, on pourrait imaginer remplacer l&rsquo;hydrog\u00e8ne seul par une autre chaine lat\u00e9rale. Voir par exemple l&rsquo;acide <a href=\"https:\/\/fr.wikipedia.org\/wiki\/Acide_2-aminoisobutyrique\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">2-Aminoisobutyrique<\/a>\u00a0qui poss\u00e8de deux groupements CH3 en guise de chaines lat\u00e9rales.<\/p>\n<h3>CHONPS et m\u00e9talloprot\u00e9ines<\/h3>\n<p>J&rsquo;ai racont\u00e9 dans la vid\u00e9o que toutes les mol\u00e9cules dont je parlais \u00e9taient faites de seulement 6 \u00e9l\u00e9ments, les CHONPS. Et pourtant, comme vous le savez, plusieurs autres \u00e9l\u00e9ments sont indispensables \u00e0 la vie : magnesium, potassium, calcium, iode&#8230;A cela il faut ajouter <strong>pas mal de m\u00e9taux que l&rsquo;on range souvent dans la cat\u00e9gorie des \u00ab\u00a0oligo-\u00e9l\u00e9ments\u00a0\u00bb.<\/strong> On les retrouve m\u00eame dans certaines prot\u00e9ines qu&rsquo;on appelle alors \u00ab\u00a0m\u00e9talloprot\u00e9ines\u00a0\u00bb. Ces \u00e9l\u00e9ments ne sont pas incorpor\u00e9s imm\u00e9diatement dans la phase de traduction, mais ult\u00e9rieurement.<\/p>\n<p>Un exemple tr\u00e8s connu : le fer, qui entre dans la structure de l&rsquo;h\u00e9moglobine. Autant dire que sans lui on aurait du mal.<\/p>\n<p>Il y a un autre exemple que j&rsquo;aime beaucoup : le mangan\u00e8se. Cet \u00e9l\u00e9ment peu connu (parfois confondu avec le magnesium) joue pourtant un r\u00f4le crucial dans la vie, puisqu&rsquo;il entre notamment dans <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Photosystem_II\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">la structure du photosyst\u00e8me II<\/a>, un complexe qui permet la photosynth\u00e8se. <strong>Sans manganese, pas de photosynth\u00e8se, pas de v\u00e9g\u00e9tation, pas d&rsquo;oxyg\u00e8ne sur Terre<\/strong>.<\/p>\n<p>Vive le mangan\u00e8se !<\/p>\n<h3>Le plastique c&rsquo;est fantastique<\/h3>\n<p>Assez de biologie, parlons un peu de chimie des polym\u00e8res ! J&rsquo;ai \u00e9voqu\u00e9 le fait que le silicium, avec ses 4 liaisons potentielles, pouvait se poser en candidat de remplacement du carbone. J&rsquo;ai mentionn\u00e9 la fa\u00e7on dont on le retrouve dans les silicones, des polym\u00e8res (plastiques) qui diff\u00e8rent des polym\u00e8res usuels \u00e0 base de carbone. Il y a pourtant une subtilit\u00e9.<\/p>\n<p>Dans les silicones (comme le PDMS pour prendre l&rsquo;exemple le plus connu), <strong>le silicum ne sert pas \u00e0 former de longues chaines -Si-Si-Si-Si-<\/strong> comme le ferait le carbone, mais il s&rsquo;associe avec un oxyg\u00e8ne pour former des chaines de -(Si-O)-(Si-O)-. Techniquement, c&rsquo;est donc plut\u00f4t le couple (Si-O) qui se substitue au carbone. Il doit y avoir une histoire d&rsquo;\u00e9nergie des liaisons Si-Si versus (Si-O)-(Si-O) qui explique \u00e7a, si jamais un chimiste passe par l\u00e0 \ud83d\ude42<\/p>\n<p>Edit : Sur ce dernier point, je me permets de copier\/coller la tr\u00e8s bonne intervention de B.Lamotte en commentaire ci-dessous :<\/p>\n<p><em>Il faut pointer une diff\u00e9rence essentielle entre eux (revenons \u00e0 Pauling !) :<\/em><br \/>\n<em>\u2013 l\u2019atome de carbone poss\u00e8de une grande versatilit\u00e9 car il est capable de former trois types de liaisons diff\u00e9rentes (simples, doubles et triples) avec d\u2019autres atomes (C, O, N, S, P \u2026).<\/em><br \/>\n<em>Ceci parce que, d\u2019un point de vue des energies en jeu de ses orbitales 2s et 2p, il a la capacit\u00e9 d\u2019hybrider celles-ci en, respectivement, les orbitales hybrides sp3, sp2 et sp.<\/em><br \/>\n<em>\u2013 capacit\u00e9 que n\u2019a pas, de ce m\u00eame point de vue, celui de silicium dont les orbitales 3p sont plus \u00e9tendues, et qui, \u00e0 ma connaissance, n\u2019offre que la possibilit\u00e9 de s\u2019hybrider qu\u2019en sp3.<\/em><\/p>\n<p><em>Ceci explique la tr\u00e8s grande versatilit\u00e9 et donc f\u00e9condit\u00e9 des situations mettant en jeu le carbone : c\u2019est tout le monde des mol\u00e9cules organiques et singuli\u00e8rement celles en jeu dans<\/em><br \/>\n<em>le monde vivant, v\u00e9g\u00e9tal comme animal que nous connaissons. Ce, alors qu\u2019on ne trouve le silicium pour l\u2019essentiel que dans le monde min\u00e9ral (et faiblement dans le monde v\u00e9g\u00e9tal).<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Qu&rsquo;est-ce que la vie ? Voil\u00e0 une question essentielle, notamment en astrobiologie : la discipline qui s&rsquo;int\u00e9resse aux processus pouvant conduire \u00e0 l&rsquo;\u00e9mergence de la vie, en particulier ailleurs que chez nous ! En compl\u00e9ment de la vid\u00e9o, voici quelques pr\u00e9cisions concernant des points que j&rsquo;ai \u00e9voqu\u00e9s. Exo vs Astro J&rsquo;ai eu un petit d\u00e9bat<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":8983,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"_jetpack_newsletter_access":"","_jetpack_dont_email_post_to_subs":false,"_jetpack_newsletter_tier_id":0,"_jetpack_memberships_contains_paywalled_content":false,"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":""},"categories":[7],"tags":[],"class_list":{"0":"post-8980","1":"post","2":"type-post","3":"status-publish","4":"format-standard","5":"has-post-thumbnail","7":"category-biologie"},"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/09\/vignette_fond.png","jetpack_sharing_enabled":true,"post_mailing_queue_ids":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8980","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=8980"}],"version-history":[{"count":9,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8980\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":8992,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8980\/revisions\/8992"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/media\/8983"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=8980"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=8980"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=8980"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}