{"id":3622,"date":"2012-11-12T05:00:16","date_gmt":"2012-11-12T04:00:16","guid":{"rendered":"http:\/\/sciencetonnante.wordpress.com\/?p=3622"},"modified":"2012-11-12T05:00:16","modified_gmt":"2012-11-12T04:00:16","slug":"denisova-qui-cest-celle-la","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/2012\/11\/12\/denisova-qui-cest-celle-la\/","title":{"rendered":"Denisova, qui c’est celle-l\u00e0 ?"},"content":{"rendered":"

\"\"<\/a>Depuis 2 ans, le monde de la pal\u00e9o-anthropologie est en \u00e9bullition : une nouvelle esp\u00e8ce humaine pourrait avoir \u00e9t\u00e9 d\u00e9couverte, et bousculer nos certitudes sur nos propres origines.<\/p>\n

Traditionnellement, on pr\u00e9sente les derni\u00e8res \u00e9tapes de l’\u00e9volution de la lign\u00e9e humaine comme une finale entre deux esp\u00e8ces : l’homme de N\u00e9anderthal et l’Homo Sapiens. <\/strong>Et c’est ce dernier qui aurait gagn\u00e9 : nous serions donc tous des Homo Sapiens<\/em> (qu’on appelle aussi l’homme de Cro-Magnon, ou encore \u00ab\u00a0l’homme moderne\u00a0\u00bb).<\/p>\n

Mais gr\u00e2ce \u00e0 la d\u00e9couverte et \u00e0 l’analyse d’un minuscule morceau de phalange (repr\u00e9sent\u00e9 ci-contre), un troisi\u00e8me larron vient de faire son entr\u00e9e dans le jeu, ou plut\u00f4t une larronne : Denisova.<\/strong><\/p>\n

L’homme est deux fois originaire d’Afrique<\/h3>\n

L’histoire de la lign\u00e9e humaine commence il y a environ 7 millions d’ann\u00e9es, \u00e0 l’\u00e9poque o\u00f9 nos lointains anc\u00eatres se seraient s\u00e9par\u00e9s de nos plus proches cousins, les chimpanz\u00e9s<\/strong>. Cette s\u00e9paration s’est produite en Afrique, et c’est en ce sens que l’on peut dire que l’homme est originaire d’Afrique.<\/p>\n

Mais apr\u00e8s cette s\u00e9paration, l’histoire de la lign\u00e9e humaine n’est pas une \u00e9volution lin\u00e9aire, et encore moins celle d’une seule esp\u00e8ce<\/strong>. Il y en a eu de nombreuses et leurs noms nous sont plus ou moins familiers : Homo Habilis<\/em>, Homo Erectus<\/em>, Homo Sapiens<\/em>, etc. Si la plupart de ces esp\u00e8ces sont n\u00e9es en Afrique, elles ont essay\u00e9 chacune \u00e0 leur mani\u00e8re de coloniser la plan\u00e8te. Ainsi Homo Erectus<\/em> est sorti d’Afrique il y a 1 \u00e0 2 millions d’ann\u00e9es, et l\u2019anc\u00eatre de N\u00e9anderthal a fait de m\u00eame il y a environ 800 000 ans.<\/p>\n

Notre esp\u00e8ce Homo Sapiens <\/em>est apparue relativement tardivement, il y a 200 000 ans environ. Et elle est sortie encore plus r\u00e9cemment d’Afrique, probablement il y a 50 000 ans. Quand Homo Sapiens<\/em> sort d’Afrique pour coloniser l’Europe et l’Asie, il trouve sur son chemin N\u00e9anderthal<\/strong>, qui \u00e9tait sorti il y a bien plus longtemps et s’\u00e9tait \u00e9tabli.\u00a0 C’est ce que repr\u00e9sente le sch\u00e9ma ci-dessous, qui retrace les chemins d’Erectus, de N\u00e9anderthal et de Sapiens au cours du temps et sur les deux continents<\/p>\n

\"\"<\/a><\/p>\n

L’histoire qui s’ensuit est connue : Sapiens aurait supplant\u00e9 N\u00e9anderthal; <\/strong>probablement pas par un affrontement direct, mais parce qu’il \u00e9tait mieux adapt\u00e9 \u00e0 l’environnement hostile qu’\u00e9tait le monde il y a 30 000 ans.<\/p>\n

Vous voyez donc que la phrase \u00ab\u00a0L’homme est originaire d’Afrique<\/em>\u00a0\u00bb a deux significations bien distinctes<\/strong> : la lign\u00e9e humaine a commenc\u00e9 en Afrique il y 7 millions d’ann\u00e9es; et au sein de cette lign\u00e9e, notre esp\u00e8ce Homo Sapiens<\/em> est apparue \u00e9galement en Afrique il y a environ 200 000 ans.<\/p>\n

\"\"<\/a>La bombe Denisova<\/h3>\n

L’histoire semblait assez claire, mais tout a chang\u00e9 en 2010. L’\u00e9quipe du pal\u00e9o-g\u00e9n\u00e9ticien Svante P\u00e4\u00e4bo [1] publie l’analyse g\u00e9n\u00e9tique d’un minuscule morceau de phalange d\u00e9couvert dans la grotte de Denisova<\/strong>, un endroit improbable d’Asie centrale situ\u00e9 au carrefour de la Russie, de la Chine, du Kazakhstan et de la Mongolie (voir la carte).<\/p>\n

Fait exceptionnel, cette grotte poss\u00e8de une temp\u00e9rature situ\u00e9e autour de 0\u00b0C tout au long de l’ann\u00e9e, et l’ADN de ce minuscule fragment est suffisamment bien conserv\u00e9<\/strong> pour qu’il soit possible de s\u00e9quencer son g\u00e9nome.<\/p>\n

Et l\u00e0 c’est la surprise : le fossile date d’il y a seulement 80 000 ans, mais n’appartient ni aux Sapiens, ni aux N\u00e9anderthaliens<\/strong> ! On pensait que l’histoire r\u00e9cente de la lign\u00e9e humaine se r\u00e9sumait \u00e0 ces deux-l\u00e0, eh bien non ! Et gr\u00e2ce \u00e0 la conservation de l’ADN, on est capable d’en savoir assez long sur cette nouvelle esp\u00e8ce \u00e0 partir d’une simple demi-phalange.<\/p>\n

\"\"<\/a>Tout d’abord cette phalange appartenait \u00e0 une femme ! On sait qu’elle \u00e9tait probablement brune, aux yeux bruns et \u00e0 la peau sombre. Mais surtout le s\u00e9quen\u00e7age de son g\u00e9nome r\u00e9v\u00e8le qu’elle est une cousine de N\u00e9anderthal<\/strong>. Cette nouvelle esp\u00e8ce a naturellement \u00e9t\u00e9 baptis\u00e9e \u00ab\u00a0Denisova\u00a0\u00bb.<\/p>\n

On peut m\u00eame dater leur s\u00e9paration \u00e0 approximativement 500 000 ans. L’arbre ci-contre repr\u00e9sente donc l’\u00e9tat des relations entre\u00a0 Denisova, N\u00e9anderthal (tous deux en Eurasie) et Sapiens (en Afrique et en Eurasie).<\/p>\n

Sexe au pal\u00e9olithique<\/h3>\n

Tout cela aurait pu en rester l\u00e0, mais l’analyse men\u00e9e par Svante P\u00e4\u00e4bo et sa bande va encore plus loin. En comparant le g\u00e9nome de N\u00e9anderthal, de Denisova et celui d’humains actuels de diff\u00e9rents pays, ils ont pu montrer que nous ne sommes pas \u00e0 100% des Homo Sapiens<\/strong> !<\/p>\n

Dans un papier pr\u00e9c\u00e9dent [2], ils avaient en effet montr\u00e9 qu’environ 4% de notre g\u00e9nome provient de N\u00e9anderthal<\/strong>.\u00a0 Ce r\u00e9sultat traduit le fait qu’il y a eu certainement dans le pass\u00e9 des m\u00e9langes (ou hybridations) entre N\u00e9anderthal et Sapiens. En clair ils ont couch\u00e9 ensemble ! Mais comme ces 4% se retrouvent chez les Europ\u00e9ens et les Asiatiques, mais pas chez les Africains, on peut d\u00e9duire que ce croisement a eu lieu en Eurasie<\/strong>, apr\u00e8s que Sapiens soit sorti d’Afrique.<\/p>\n

Suite \u00e0 la d\u00e9couverte de Denisova, les auteurs se sont bien s\u00fbr demand\u00e9 si des membres de cette nouvelle esp\u00e8ce avaient pu aussi se m\u00e9langer avec Homo Sapiens. Et l\u00e0 surprise : aucune trace du g\u00e9nome de Denisova dans le n\u00f4tre … sauf pour les M\u00e9lan\u00e9siens,<\/strong> que sont par exemple les habitants de la Papouasie-Nouvelle Guin\u00e9e. Ces derniers poss\u00e8dent environ 5% de g\u00e9nome provenant de Denisova [3] !<\/p>\n

\"\"<\/a>Cela signifie que les anc\u00eatres des M\u00e9lan\u00e9siens se sont probablement reproduits avec des membres de l’esp\u00e8ce Denisova<\/strong>, et ce apr\u00e8s la s\u00e9paration entre les M\u00e9lan\u00e9siens et les autres Eurasiens.<\/p>\n

L’histoire des relations entre Sapiens, N\u00e9anderthal et Denisova serait donc celle repr\u00e9sent\u00e9e ci-contre, avec des s\u00e9parations datant d’il y a quelques centaines de milliers d’ann\u00e9es, mais des hybridations bien plus r\u00e9centes.<\/p>\n

Ces hybridations, qui conduisent \u00e0 retrouver des g\u00e8nes d’une esp\u00e8ce dans une autre, c’est ce que les g\u00e9n\u00e9ticiens appellent un flux de g\u00e8nes<\/strong>. En pratique sous ce terme abstrait se cache une r\u00e9alit\u00e9 certainement assez peu romantique : on est capable d’identifier que Denisova a transmis aux M\u00e9lan\u00e9siens essentiellement du g\u00e9nome \u00ab\u00a0masculin\u00a0\u00bb<\/strong>. A l’\u00e9poque, un \u00ab\u00a0flux de g\u00e8nes\u00a0\u00bb signifiait donc certainement un viol, plut\u00f4t qu’une joyeuse et amicale communion au coin du feu.<\/p>\n

Que faut-il conclure des ces r\u00e9sultats ?<\/h3>\n

La premi\u00e8re chose \u00e0 avoir en t\u00eate pour bien interpr\u00e9ter ces r\u00e9sultats, c’est que la prudence doit \u00eatre de mise ! Les dates que je donne ici pour les s\u00e9parations ou les migrations sont tr\u00e8s approch\u00e9es et les marges d’erreur sont importantes. D’autre part, il est possible que la d\u00e9couverte de nouveaux fossiles vienne modifier voire bouleverser l’interpr\u00e9tation que l’on a aujourd’hui.<\/p>\n

Malgr\u00e9 tout une chose est claire : nous sommes une esp\u00e8ce hybride<\/strong> ! Songez que pour les M\u00e9lan\u00e9siens, pr\u00e8s de 10% du g\u00e9nome provient d’autres esp\u00e8ces que Homo Sapiens. Tout \u00e7a doit nous pousser d’ailleurs \u00e0 red\u00e9finir notre notion d’esp\u00e8ce. En g\u00e9n\u00e9ral on dit que deux individus font partie de la m\u00eame esp\u00e8ce s’ils peuvent se reproduire et donner des descendants f\u00e9conds. Donc N\u00e9anderthal, Denisova et Sapiens seraient \u00e0 mettre tous dans le m\u00eame panier. D’ailleurs les auteurs des papiers sont prudents, et pr\u00e9f\u00e8rent parler de \u00ab\u00a0populations\u00a0\u00bb plut\u00f4t que d’esp\u00e8ces.<\/p>\n

Enfin pour finir, songez que tout ce que l’on raconte sur Denisova ne nous est connu que gr\u00e2ce \u00e0 une minuscule phalange ! (Et aussi deux dents d\u00e9couvertes plus tard) Mais gr\u00e2ce \u00e0 l’exceptionnelle conservation de cet ADN, on en sait plus aujourd’hui sur Denisova que sur N\u00e9anderthal<\/strong>, dont on poss\u00e8de tout de m\u00eame de nombreux fossiles. Pour l’\u00e9quipe de Svante P\u00e4\u00e4bo, un s\u00e9quen\u00e7age de haute qualit\u00e9 sur N\u00e9anderthal est clairement la prochaine \u00e9tape !<\/p>\n

Billets pr\u00e9c\u00e9dents sur des sujets analogues :<\/span><\/p>\n

Sur la s\u00e9paration de la lign\u00e9e humaine et du chimpanz\u00e9 : Aux origines de l’homme, de Lucy \u00e0 Toumai<\/a><\/p>\n

Sur la sortie d’Afrique de l’homme moderne : Out of Africa, pour le langage aussi<\/a><\/p>\n

Sur les rapports entre Sapiens et N\u00e9anderthal : Le fabuleux destin du pouillot verd\u00e2tre<\/a><\/p>\n

Pour aller plus loin<\/em><\/h3>\n

Du point de vue de l’\u00e9volution, on peut se demander comment le g\u00e9nome de N\u00e9anderthal et de Denisova a pu survivre chez les hybrides avec Sapiens. En effet s’il s’agissait de deux populations qui s’\u00e9taient s\u00e9par\u00e9es il y a plusieurs centaines de milliers d’ann\u00e9es, on peut penser que leurs rejetons n’\u00e9taient pas forc\u00e9ment tr\u00e8s viables, et en tout cas moins adapt\u00e9s que les Sapiens \u00ab\u00a0purs\u00a0\u00bb. Eh bien justement, il semblerait que non ! Un papier publi\u00e9 l’an dernier [4] r\u00e9v\u00e8le que l’hybridation avec N\u00e9anderthal et Denisova pourrait bien avoir jou\u00e9 un r\u00f4le d\u00e9terminant dans l’\u00e9tablissement de notre syst\u00e8me immunitaire. En gros l’hybridation avec ces deux esp\u00e8ces qui habitaient l’Eurasie depuis d\u00e9j\u00e0 longtemps a aid\u00e9 Sapiens a acqu\u00e9rir les d\u00e9fenses n\u00e9cessaires pour y survivre. Une belle histoire de coop\u00e9ration ! (enfin comme je le disais, coop\u00e9ration via le viol vraisemblablement…)<\/em><\/p>\n

Un d\u00e9tail que je voulais mentionner : je me suis gratt\u00e9 la t\u00eate sur l’orthographe de \u00ab\u00a0N\u00e9anderthal\u00a0\u00bb que l’on trouve avec et sans accent, et avec et sans \u00ab\u00a0h\u00a0\u00bb. Voici l’histoire : le premier fossile a \u00e9t\u00e9 d\u00e9couvert en Allemagne au milieu du XIX\u00e8me si\u00e8cle dans la vall\u00e9e de Neander : Neander Thal en allemand de l’\u00e9poque. Par la suite au d\u00e9but du XX\u00e8me, une r\u00e9forme de l’orthographe fait dispara\u00eetre le \u00ab\u00a0h\u00a0\u00bb et le mot \u00ab\u00a0vall\u00e9e\u00a0\u00bb devient \u00ab\u00a0das Tal\u00a0\u00bb. Neanderthal avait d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 baptis\u00e9, certains choisissent de lui retirer son \u00ab\u00a0h\u00a0\u00bb, d’autres non. Ensuite en 1952, le pal\u00e9o-anthropologue fran\u00e7ais Henri Vallois propose comme graphie fran\u00e7aise \u00ab\u00a0N\u00e9andertal\u00a0\u00bb (avec un accent). Je n’ai pas su choisir alors j’ai tout m\u00e9lang\u00e9 : accent et \u00ab\u00a0h\u00a0\u00bb !<\/em><\/p>\n

Enfin pour finir, l’\u00e9criture de ce billet a \u00e9t\u00e9 pour moi l’occasion de d\u00e9couvrir que Denisova est \u00e9galement le nom d’un superbe mannequin russe<\/a>…<\/em><\/p>\n

R\u00e9f\u00e9rences<\/em><\/h3>\n

[1] D. Reich et al., Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia, Nature 468, 1053 (2010)<\/em><\/p>\n

[2] R. E. Green et al, A Draft Sequence of the Neandertal Genome, Science 328, 710 (2010)<\/em><\/p>\n

[3] M. Meyer et al., A High-Coverage Genome Sequence from an Archaic Denisovan Individual, Science 338, 222 (2012)<\/em><\/p>\n

[4] L. Abi-Rached et al., The Shaping of Modern Human Immune Systems by Multiregional Admixture with Archaic Humans, Science 334, 89 (2011)<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Depuis 2 ans, le monde de la pal\u00e9o-anthropologie est en \u00e9bullition : une nouvelle esp\u00e8ce humaine pourrait avoir \u00e9t\u00e9 d\u00e9couverte, et bousculer nos certitudes sur nos propres origines. Traditionnellement, on pr\u00e9sente les derni\u00e8res \u00e9tapes de l’\u00e9volution de la lign\u00e9e humaine comme une finale entre deux esp\u00e8ces : l’homme de N\u00e9anderthal et l’Homo Sapiens. Et c’est<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"_jetpack_newsletter_access":"","_jetpack_dont_email_post_to_subs":false,"_jetpack_newsletter_tier_id":0,"_jetpack_memberships_contains_paywalled_content":false,"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":""},"categories":[7],"tags":[8,35,47],"class_list":{"0":"post-3622","1":"post","2":"type-post","3":"status-publish","4":"format-standard","6":"category-biologie","7":"tag-evolution","8":"tag-genetique","9":"tag-paleontologie"},"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"post_mailing_queue_ids":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/3622","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=3622"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/3622\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=3622"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=3622"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/scienceetonnante.com\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=3622"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}